Początki klubu to pierwsze półrocze 1903 roku. Dokładnie 26 kwietnia tegoż roku grupa studentów pochodzących z Bilbao postanowiła w Madrycie założyć filię swojego ukochanego klubu. Tak powstał Athletic Clube de Madrit. 1904 roku piłkarze zmierzyli się ze swoim pierwowzorem, jednak wynik meczu nie jest znany. 20 lutego 1907 odcięto pępowinę i klub stał się w pełni niezależny od drużyny Athletic Bilbao. Dzięki temu klub mógł startować w jedynych ogólnokrajowych rozgrywkach, jakimi w tam tym czasie były zmagania o Puchar Króla. W 1911 roku zmieniono barwy, z biało-niebieskich na czerwono-białe. W1916 roku Atletico Madryt dotarł do finału mistrzostw Hiszpanii, jednak tytułu nie zdołał wywalczyć. Pierwszy z dziewięciu tytułów mistrzowskich został wywalczony dopiero w sezonie 1930/1940, tytuł udało się obronić w następnym sezonie. Podobna sytuacja miała miejsce z kolejnymi dwoma tytułami w sezonach 1949/1950 oraz 1950/1951. W latach sześćdziesiątych XX w klub dwukrotnie sięgał po mistrzowską koronę. A w sezonie 1961/62 świętował zdobycie Pucharu Zdobywców Pucharów. Lata siedemdziesiąte to najlepszy okres w historii klubu. Cztery mistrzostwa kraju, finał Pucharu mistrzów oraz zwycięstwo w Pucharze Interkontynentalnym, w 1974 roku. Na następny, ostatni jak do tej pory tytuł mistrzowski kibice musieli czekać do sezonu 1995/1996. Jednak w międzyczasie drużynie udało się dotrzeć aż do finału Pucharu Zdobywców Pucharów. Lata dziewięćdziesiąte, mimo zdobycia mistrzostwa kraju, nie przyniosły sukcesów na arenie międzynarodowej. Dopiero rok 2010 przyniósł podwójny sukces. Wygranie Ligi Europy UEFA i Super Pucharu Europy. Dokładnie taki sam sukces miał miejsce dwa lata później, w 2012 roku. Atletico Madryt ma za sobą 69 sezonów w najwyższej klasie rozgrywkowej Hiszpanii. Najwyższym zwycięstwem było pokonanie Herculesa Alicante 9:0. Najwyższą porażką, ta z FC Barcelona w 2007 roku, 0-6. W śród zawodników, którzy zdobyli dla Atletico najwięcej bramek, prowadzi Adrián Escudero ze 150 trafieniami.